Passaram-se 11 anos desde a derrota de Dio, o arqui-inimigo dos Joestar. Em 1999, Jotaro Kujo vai a Morioh, na cidade S do distrito M, no Japão, a procura de Josuke Higashikata, o filho ilegítimo de Joseph Joestar. No entanto, Josuke tem a mesma habilidade de Jotaro: ele é um usuário de Stand. E quando Jotaro invoca o seu, um novo grupo de usuários de Stand entram em ação. Há algo nesta cidade e Josuke fará de tudo para salvar Morioh, sua cidade natal!