Sinopse: Yu-Gi-Oh! 5D, fixado em um futuro não muito distante, é a sequela de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters e Yu- Gi-Oh! GX. Na sequência dos seus antecessores, o show é centrado em torno do Card Game Duel Monsters. Neo Domino City, uma cidade mais nova evolução é o maior do mundo, vigiado pelo seu Director, Rex Godwin. Satélite, o renomeado velho Domino City, agora é área de disposição de resíduos principal da cidade e os habitantes que ali vivem, Satélites, vivem em condições precárias e estão proibidos de Duelos. Fudou Yusei, os shows protaganist principal, construiu uma D-Wheel ( utilizado para a nova forma de duelo, Duelos Equitação), na esperança de que ele possa fugir para Neo Domino City. Estimulado por vingança para com Jack Atlus, o Rei dos Duelos Equitação, ele consegue escapar e duelar com Jack para seu precioso cartão, Stardust Dragon. No entanto, quando ele é convocado, juntamente com monstro ace de Jack, demônios vermelhos Dragão, um wonderous Dragão Vermelho aparece, junto com uma marca de nascença misterioso no braço de Yusei. Daqui em diante, Yusei e seus amigos são jogados em um mundo de trevas, a partir do qual eles devem duelar seu caminho para fora e tentar salvar o mundo das forças destrutivas que logo aparecem.