Sinopse: Hidan no Aria é sobre um colégio em Tóquio onde, além de aprender as matérias normais, os alunos são treinados para se tornarem detetives armados. No departamento de investigação dessa escola está o protagonista, Tooyama Kinji, um detetive no baixo nível E, que após um incidente decide deixar a escola e se transferir para uma escola normal. Porém, ele é atacado e salvo por Kanzaki H. Aria, a melhor detetive de nível S do departamento de ataque da escola.